Command line: [exonerate -q exonerate_cdna.fa -t exonerate_genomic.fa --model est2genome --bestn 1]
Hostname: [fgu204.anat.ox.ac.uk]
C4 Alignment display:
  Model: est2genome
  Raw score: 6137
  Aligned positions 3->1279 of query
  Aligned positions 28->3074 of target

Query: MUSSPSYN Mouse spermidine synthase mRNA, complete cds.
Target: 4.143962167-143965267 Slice, no description

    4 : GTTGTGCT-GGGGGGGTCCGCGCGCCCTGCAGTCCCGAACCCGCTACGCGCTCCGTCGGCCC :   64
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   29 : GTTGTGCTGGGGGGGGTCCGCGCGCCCTGCAGTCCCGAACCCGCTACGCGCTCCGTCGGCCC :   90

   65 : GCCCGCCCGCCATGGAGCCTGGCCCCGACGGCCCAGCCGCGCCCGGCCCCGCCGCCATCCGT :  126
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   91 : GCCCGCCCGCCATGGAGCCTGGCCCCGACGGCCCAGCCGCGCCCGGCCCCGCCGCCATCCGT :  152

  127 : GAGGGCTGGTTCCGAGAGACCTGCAGCCTGTGGCCCGGCCAGGCCCTGTCGCTGCAAGTGGA :  188
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  153 : GAGGGCTGGTTCCGAGAGACCTGCAGCCTGTGGCCCGGCCAGGCCCTGTCGCTGCAAGTGGA :  214

  189 : GCAGCTGCTTCACCACCGGCGATCGCGGTACCAAGACATCCTCGTCTTCCGCAG  >>>> T :  243
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||++      
  215 : GCAGCTGCTTCACCACCGGCGATCGCGGTACCAAGACATCCTCGTCTTCCGCAGgt...... :  271

  244 : arget Intron 1 >>>>  TAAAACCTACGGCAACGTGCTGGTTCTGGATGGCGTCATCC :  283
            257 bp         ++|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  272 : ...................agTAAAACCTACGGCAACGTGCTGGTTCTGGATGGCGTCATCC :  566

  284 : AGTGTACTGAGAGGGATGAGTTCTCCTACCAGGAGATGATCGCCAACCTGCCGCTCTGCAGC :  345
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  567 : AGTGTACTGAGAGGGATGAGTTCTCCTACCAGGAGATGATCGCCAACCTGCCGCTCTGCAGC :  628

  346 : CACCCCAACCCGCGGAAG  >>>> Target Intron 2 >>>>  GTGCTGATCATCGGG :  378
        ||||||||||||||||||++          317 bp         ++|||||||||||||||
  629 : CACCCCAACCCGCGGAAGgt.........................agGTGCTGATCATCGGG :  978

  379 : GGTGGAGATGGGGGCGTCCTACGGGAAGTGGTGAAGCACCCCTCTGTGGAGTCGGTGGTCCA :  440
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  979 : GGTGGAGATGGGGGCGTCCTACGGGAAGTGGTGAAGCACCCCTCTGTGGAGTCGGTGGTCCA : 1040

  441 : GTGCGAGATTGATGAG  >>>> Target Intron 3 >>>>  GATGTCATTGAAGTCTC :  473
        ||||||||||||||||++          713 bp         ++|||||||||||||||||
 1041 : GTGCGAGATTGATGAGgt.........................agGATGTCATTGAAGTCTC : 1786

  474 : TAAGAAGTTCCTGCCTGGCATGGCCGTTGGCTTCTCCAGCTCAAAGCTGACTCTCCACGTGG :  535
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1787 : TAAGAAGTTCCTGCCTGGCATGGCCGTTGGCTTCTCCAGCTCAAAGCTGACTCTCCACGTGG : 1848

  536 : GCGATGGCTTTGAGTTCATGAAACAGAACCAAGATGCCTTTGACGTCATCATCACCGACTCC :  597
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 1849 : GCGATGGCTTTGAGTTCATGAAACAGAACCAAGATGCCTTTGACGTCATCATCACCGACTCC : 1910

  598 : TCAGACCCCATGG  >>>> Target Intron 4 >>>>  GCCCTGCTGAGAGCCTCTTC :  630
        |||||||||||||++          326 bp         ++||||||||||||||||||||
 1911 : TCAGACCCCATGGgt.........................agGCCCTGCTGAGAGCCTCTTC : 2269

  631 : AAGGAGTCCTATTACCAGCTCATGAAGACAGCACTCAAAGAAGATGGCATCCTGTGCTGCCA :  692
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2270 : AAGGAGTCCTATTACCAGCTCATGAAGACAGCACTCAAAGAAGATGGCATCCTGTGCTGCCA : 2331

  693 : GGGTGAGTGCCAGTGGCTGCACCTGGACCTCATCAAGGAGATGAGGCACTTCTGCAAATCTC :  754
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2332 : GGGTGAGTGCCAGTGGCTGCACCTGGACCTCATCAAGGAGATGAGGCACTTCTGCAAATCTC : 2393

  755 : TCTTCCCCGTGGTGGACTACGCCTACTGTAGCATTCCTACCTATCCCAGCGGCCAGATCGGC :  816
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2394 : TCTTCCCCGTGGTGGACTACGCCTACTGTAGCATTCCTACCTATCCCAGCGGCCAGATCGGC : 2455

  817 : TTCATGCTGTGTAGCAAAAACCCG  >>>> Target Intron 5 >>>>  AGCACCAAC :  849
        ||||||||||||||||||||||||++          85 bp          ++|||||||||
 2456 : TTCATGCTGTGTAGCAAAAACCCGgt.........................agAGCACCAAC : 2573

  850 : TTCCGGGAGCCAGTGCAGCAGTTGACACAGGCCCAGGTGGAGCAGATGCAGCTGAAATACTA :  911
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2574 : TTCCGGGAGCCAGTGCAGCAGTTGACACAGGCCCAGGTGGAGCAGATGCAGCTGAAATACTA : 2635

  912 : TAACTCGGACATGCACCGTGCCGCCTTCGTACTGCCTGAGTTCACCCGGAAG  >>>> Tar :  964
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||++        
 2636 : TAACTCGGACATGCACCGTGCCGCCTTCGTACTGCCCGAGTTCACCCGGAAGgt........ : 2690

  965 : get Intron 6 >>>>  GCCCTCAATGACATAAGCTGAATCCAGGTGCCACTGTGACACC : 1006
          81 bp          ++|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2691 : .................agGCCCTCAATGACATAAGCTGAATCCAGGTGCCACTGTGACACC : 2811

 1007 : ACCCGAGACCTCAATCGGATTGGACCAAGGATCTTCCAAGTTGTCTGGGGACCACCAGTCCT : 1068
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2812 : ACCCGAGACCTCAATCGGATTGGACCAAGGATCTTCCAAGTTGTCTGGGGACCACCAGTCCT : 2873

 1069 : GGACCAGACTCCCAGATGACTCTTGCCCACCAACCAAGTGTTACAGGCCCCATGATGCTGCC : 1130
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 2874 : GGACCAGACTCCCAGATGACTCTTGCCCACCAACCAAGTGTTACAGGCCCCACGATGCTGCC : 2935

 1131 : TGGCCTGGCCTGGCCTGGCCTGGCCTGGCCTGCCCTGCTGGGTGGACTCAGTCTCTGTCTGT : 1192
        |||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2936 : TGGCCTGGC----------CTGGCCTGGCCTGCCCTGCTGGGTGGACTCAGTCTCTGTCTGT : 2987

 1193 : CTATCTCTGTGGCGTTCAGCCCCACGCCTATACCAGCTCTGTACAGCACCGCCTATGCCCTG : 1254
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 2988 : CTATCTCTGTGGCGTTCAGCCCCACGCCTATACCAGCTCTGTACAGCACCGCCTATGCCCTG : 3049

 1255 : TGACCCAACAAAATACATGTGTATT : 1279
        |||||||||||||||||||||||||
 3050 : TGACCCAACAAAATACATGTGTATT : 3074

vulgar: MUSSPSYN 3 1279 + 4.143962167-143965267 28 3074 + 6137 M 8 8 G 0 1 M 231 231 5 0 2 I 0 253 3 0 2 M 121 121 5 0 2 I 0 313 3 0 2 M 93 93 5 0 2 I 0 709 3 0 2 M 154 154 5 0 2 I 0 322 3 0 2 M 230 230 5 0 2 I 0 81 3 0 2 M 123 123 5 0 2 I 0 77 3 0 2 M 176 176 G 10 0 M 130 130
-- completed exonerate analysis
